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Auf beiden Inseln gibt es je eine Bahnstrecke von Nord nach Süd, die das Rückgrat des Bahnnetzes bildet: von Auckland über Hamilton und Palmerston North nach Wellington auf der Nord- sowie von Picton über Christchurch auf der Südinsel. Zum 1. Oktober 2001 wurde die Verbindung von Christchurch über Dunedin nach Invercargill aus Kostengründen eingestellt.

Weitere Stichstrecken führen im Norden nach Tauranga, Rotorua und Napier, im Süden von Christchurch über den Arthur's Pass nach Greymouth. Insbesondere diese letztgenannte Strecke, der TranzAlpine, gilt als besonders interessant.

Das ohnehin nicht sehr dichte Streckennetz der Bahn ist nach der Privatisierung noch weiter geschrumpft, so dass es im Fernverkehr nur die folgenden Strecken gibt:

• The Overlander (Auckland - Hamilton - National Park - Palmerston North - Wellington)
• The Northener (Nachtzug: Auckland - Hamilton - National Park, Palmerston North - Wellington)
• The TranzCoastal (Christchurch - Kaikura - Picton)
• The TranzAlpine (Christchurch - Arthur's Pass - Greymouth)
• The Geyserland Connection (Auckland - Hamilton - Rotorua)
• Capilat Connection (Palmerston North - Wellington)